随着西方传教士深入中国各地，建立教堂，招收发展教徒，势不可挡，这种宗教力量和中国本土的孔教、神教产生了尖锐的冲突。中国广大乡村村民都有传统的神教观念，他们的居住地普遍建有“玉皇庙”、“关公殿”、“土地庙”、“包公殿”等神殿。而乡绅士大夫则信奉孔教，建有孔庙。这种乡土文化和西方文化产生激烈冲突已经到了不可避免的阶段。
中国农村乡间普遍存在以武术为宗旨的半秘密拳会，除了练武之外，还带有十分愚昧的封建色彩，宣称“神仙附体”、“金钟罩身”等法术，可以刀枪不入，洋枪也不怕等谎言，以迷惑群众，引诱入会。
1897年，山东等地出现了一个带有神密宗教色彩的邦会组织，称作“义和拳”，以操练神拳“梅花拳”术为名，宣称练习此拳，能刀枪不入，抵御洋人的洋枪子弹，招诱大批愚昧无知的乡民加入，成为一股强大的力量。
山东冠县梨园屯基督教堂和当地村民为了争夺“玉皇庙”地址，产生冲突，村民们无力抵抗，求助于义和拳首领赵三。赵三带领义和拳烧了洋教堂，还杀了二名中国教民，和前来调解的清兵发生冲突。
此外，还有朱四、李五等各地义和拳杀洋人，烧教堂事件发生。清政府山东巡抚毓贤对义和拳的排外活动有共鸣，故采取容忍和招安政策。
义和拳改名为“义和团”为了避免和清政府直接冲突，打出了“扶清灭洋”的大旗，杀洋人和教民，烧教堂，和来镇压的官兵作战。乱火在北方各省蔓延，势不可挡。有童谣称：“义和团，起山东，不三月，遍地红！”
不久，毓贤任满，朝廷改派袁世凯为山东巡抚，因袁氏在戊戍政变中立功，被慈禧重用。袁世凯懂洋务，明大理，深知西方文明和先进，知这“义和团”活动，纯粹是一批无知无识乡民凭一时义愤，聚众闹事，根本不能带来好的结果，不镇压这些乱民，怎能保境安民！
他上任后，将天津小站新军都带到山东，成为自己亲军。为了镇压义和团，他和谋士徐世昌商议，徐世昌如此这般说了一遍，袁世凯听了大喜，立刻带信给义和团首领赵三、李四，说要去视察义和团，如果真是忠勇之士，本巡抚也要入团。
义和团首领接到信后大喜，以为袁抚台和毓贤一样，也是个支持义和团的人，故招集拳民几千人，在坛上摆香案，各种祭品，张挂黄飞虎神像，准备迎接袁巡抚到来视察。袁世凯带着亲随和军士，骑着战马，飞速而来。义和团总部设在土地庙中，赵三、李四出来迎接袁世凯，抱拳说：“久闻巡台大名，今日一见，三生有幸！”袁世凯微微一笑，走进了大厅，只见大厅中张挂黄飞虎神像，上写忠义二字，下设香炉祭品，有团民几千人在座。
袁氏道：“听说你们义和团有神灵附体，刀枪不入，连洋枪也不怕，不知是真是假？”赵三道：“千真万确！”袁氏道：“怎么个神灵附体，演来看看！”赵三以为当官的和乡民一样，同样可以糊弄，就走上神坛，点起香烟红烛，朝神像拜了又拜，口中念念有词，念罢将符咒烧了，纸灰冲水喝下，突然大叫一声，跳将起来，散开衣襟，拿刀在胸脯上砍了一刀，并不见鲜血流出，团民们见了齐声喝彩。袁世凯举起手枪，“砰砰”就是两枪，赵三应声倒地。众人都大吃一惊。袁世凯对众人说：“没事的，他不是有神灵护体吗？李四，你去看看。”
李四上去看了看又摸了摸，见到两个血窟窿，人早死了。袁世凯道：“李四，赵三练得不行，你也练练，看行不行？”李四吓得脸色煞白，跪下道：“大人饶命，大人饶命！”
袁世凯面对众人说：“李四也不行，你们当中谁愿意练，上来试试？”众人都叩头不敢。袁世凯说：“这么说，神灵附体，刀枪不入，都是假的，欺骗人的。你们这些人，大多是种地农民，不要再被骗，还是回去安心种田为好，不要再糊闹了。愿意回家种田的，由于年景不好，灾害频频，我发给种子和救济粮。”
众人听了都叩头拜谢，愿意回家种地。袁世凯命军士将李四等几个头目捆绑起来，带到衙门审讯，又拆掉了神坛。
山东的义和团在袁世凯的征抚兼施下，基本上消声匿迹了。
杀教民，杀洋人，抢富户，能满足部分人的泄愤需求和物质需求，故这股风一时席捲北方各地，加上旱灾水灾不断，故乡民参于义和团越来越多。山东不行，钱五、孙六等义和团首领来到直隶发展，每村设立拳坛，村村互动，互相支援，声势浩大。北京、天津外围都是义和团。
外国使团为了保护侨民在华利益，向清政府提出，要求清政府镇压义和团，保护侨民，传教士不受侵害。慈禧等当权者见义和团能杀洋人，干自己不能干的事，间接替自己出气，心中暗喜，故借口义和团是民间行为，和政府无关。外国政府也很精明，认为，既然你满清政府不能制止地方叛乱，那么由我们自己派兵解决。
满清政府内部对义和团这一事件产生了不同的看法，以荣禄、李鸿章等稍有洋务知识的大臣，都以为应当征巢镇压义和拳，而以端王载漪、刚毅、徐桐等极端愚昧守旧仇洋分子，则主张利用义和拳，排外灭洋。
说到端王载漪，此人是道光帝的孙子，光绪帝的堂兄，不学无术，喜欢武术，管理八旗子弟神机营，在戊戍政变中，坚定支持慈禧残杀维新志士，是个彻头彻尾的顽固分子。
慈禧太后在戊戌政变后，对洋人庇护康有为、梁启超外逃，恨之入骨，故在仇外心理上，和义和拳有共鸣，但在盲目排外杀洋人行动上，却有过教训，吃了不少亏，故十分畏惧，恐怕招惹洋人，会带来灭顶之灾。
皇族中，载漪是较亲近的一支，而庆王奕劻则比较远，荣禄更不是皇族。所以慈禧更倚重于载漪，将他擢升为军机大臣及总理衙门大臣，对他言听计从。载漪拉拢大学士徐桐、军机大臣刚毅，内宫太监李莲英等，希望李莲英鼓动太后废掉光绪皇帝载恬，立自己的儿子溥儁为帝。慈禧设想，立溥字辈为皇帝，自己可以永远垂帘听政，不禁动了心，立漙儁为“大阿哥”，过继给同治皇帝为子，进一步就是接替光绪皇帝了。
慈禧的这一举动，受到李鸿章、张之洞、刘坤一等大臣的竭力反对，故不敢贸然行动。
为了迎合慈禧的仇外心理，载漪极力主张招抚义和团，利用义和团，达到制约洋人的目的。慈禧听了举棋不定，要载漪亲自考察义和团，再作决定。载漪招引北京郊外义和团首领进入王府，演示神奇拳术和“金钟罩”神功，大为惊奇，在慈禧太后面前活灵活现描述一番，又说义和团成员都是些忠勇之士，说得慈禧信以为真，越来越趋向于利用义和团。
载漪还命令自己统辖的“虎神营”官兵，跟义和团学习拳术。
慈禧太后召集皇室成员和在京大臣，召开御前会议，决定是利用招安义和团还是镇压义和团。这次会议有光绪帝、载漪、军机大臣刚毅、王文韶、荣禄、总理衙门大臣许景澄、袁昶及各王贝勒等参加。
会上，载漪说：“义民起于田间，为了国家，怀拼死之决心，今如果我们认为他们是乱民，欲消灭之，会大失民心，民心一失，国家靠谁维持！”
各王贝勒及赞成者，都痛哭上奏，认为非战不可。光绪帝明知不行，深虑国家将陷入危险境地，但他已没有任何权力，只是冷笑而已。载漪痛骂军机大臣王文韶、袁昶、许景澄等为汉奸卖国贼，见光绪皇帝冷笑，怒道：“笑什么笑，大清江山你也有份！”
慈禧仍举棋不定，载漪见此，拿出伪造的各国列强给清廷的照会，照会要求慈禧归政于光绪帝，这彻底激怒了慈禧，是可忍，孰不可忍，这是明目张胆干涉中国内政。慈禧盛怒之下，孤注一掷，决定招安义和团，对列强宣战。
7月17日，调董福祥甘军奔赴京津铁路沿线，抵御英国西摩尔联军入侵北京。19日，义和团和官兵开始攻击各国驻京使馆。各王府设立义和团神坛，供义和团拳民驻扎，练兵作战。
义和团在前，官军在后，连日攻打各国使馆。外国各使馆凭借洋枪优势拼死居守扺抗，义和团仅凭大刀木棒，无法攻破。
甘军杀死日本使馆书记生杉山彬，神机营杀死德国公使克林德。把各国使馆所在地东交民巷称作“杀羊巷”。
英国驻京公使窦纳乐见形势严峻，使馆一旦被攻破，将死无葬身之地，急忙发求救电报给驻扎在大沽口的英海军元帅西摩尔，说：“局势十分严重，如果不立即进军北京，便太迟了！”
这西摩尔十几岁就在海军服役，参加过鸦片战争和帮助清军镇压过太平天国之乱。是个中国通。他接到窦纳乐电报后，不敢拖延，连夜召集各国海军将领商讨对策。英国总领事贾士礼在天津也召集各国领事开会，决定组建联合军队，进京保护使馆。
联军由英、俄、德、法、美、日、意、奥八国军队组成，首批二千余人坐火车急速向北京进发，火车到了廊坊这个地方，前面铁路已被义和团破坏，联军火车只得停下，并派工兵紧急抢修。正在这时，埋伏在此地的义和团几百人，手持大刀长矛等，叫声“杀”，奋勇冲向联军列车。西摩尔急命军士开枪射击，拳民们不知洋枪厉害，在团头领鼓动下，以为真的有刀枪不入的神功，故毫不躲避冲上去，成排成排惨死在洋枪之下。
尽管如此，团民仍从四面八方赶来，声势之大，吓住了联军，一旦枪弹打尽，就可能全军覆灭。西摩尔只得率队撤退到杨村。后面联军增援部队赶到，这增援部队是由俄国、日本两国组成，正好碰上追赶的义和团和清军甘军三千余官兵，双方展开厮杀，清军是正规军，也配备洋枪，联军受到重创。这次战斗，被称之为“廊坊大捷”
西摩尔率领的联军只得退回天津租界内，义和团将天津租界围住，攻打几次，无法攻破。
见此状况，俄国和日本离中国最近，利益也最大，两国分别增派援军达几万人之多，攻占了天津，随即向北京进军。中国军队节节败退，根本不是敌手。
载漪和载勋等还率领义和团六十多人以搜查“二毛子”为名，冲击皇宫，扬言“先杀贪官，后杀不孝”，不孝映射光绪帝。他们先后杀了大臣许景澄、袁昶等五人。
这时，慈禧见到载漪等的胆大妄为，威胁到自己的权威，心中不安，在荣禄、奕劻等人的劝说下，也清醒过来，反手镇压义和团。.义和团不过是些乌合之众，哪里是正规军对手，一哄而散。慈禧派人向八国联军讲和，劝其不要进京。战火已经烧起，再也不是你慈禧说了算，八国联军拒绝了慈禧的讲和请求，很快，在8月16日进入北京，慈禧知大事不妙，逃命要紧，提前一天，于8月15日带着光绪匆匆逃往西安。临走，将光绪的爱妃珍妃推入宫内井中处死，因珍妃也趋向于维新变法，慈禧将所有失败和耻辱的怨恨都迁怒于她，真是毒辣至极！珍妃临死向光绪帝呼救，光绪帝泪眼濛胧，对着慈禧的残忍，无能为力，更增添了他对慈禧的刻骨怨恨。
中国北方陷入无政府状态。
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