一张泛着淡蓝微光的植物老照片，让灵韵小学的黄晓雨与神农架的秘密不期而遇。恰逢学校征集“神农秘境传说”征文，照片里的奇异植物与母亲《草药手记》中的“夜光苔”吻合，而千年银杏下突然出现的老人陈砚秋，更将线索引向了父亲口中神秘的叔公黄守山。

随着陈砚秋挖掘银杏树根被撞破，一段往事浮出水面：1977年，他与黄守山同为科考队员，为守护珍稀的锥叶蕨种子，守山与盗伐者搏斗致伤，将种子秘埋树下，用一生践行守护承诺。袁老根的回忆更添传奇——当年科考队遇黑熊，竟有神秘“毛人”现身驱熊。

带着刻有“守山”的铜罗盘，晓雨跟随护林员父亲、陈砚秋等人踏入后山。瘴气、红豆杉、红外相机捕捉到的黑熊踪迹，步步逼近真相。阴崖之上，夜光苔如碎钻闪烁，其下几株蕨类疑似锥叶蕨。暴雨困于山洞时，洞壁刻痕与守山日记的发现，印证了守护者与这片土地的羁绊。