中央美术学院研究生方牧之，因临摹朱元璋画像触发时空裂隙，穿越至元末乱世，附身于史官家族次子之躯。这个家族因私修《秘史》惨遭元军灭门，而他体内流淌着方孝孺的血脉。凭借国防科技大学本科积累的军事知识与现代美术造诣，方牧之成为朱元璋帐下"看不见的谋士"，以火药配方改良武器，以机械制图重塑锦衣卫谍网，助大明开国却隐匿青史。
他目睹蓝玉案血溅午门，以素描本记录胡惟庸毒杀李善长的秘辛；在永乐朝助朱棣编纂《永乐大典》，却在方孝孺被诛十族时以密室机关保存其遗孤。土木堡之变时，他用透视法设计迷阵困住也先；嘉靖年间，以银箔秘史揭露大礼议真相。家族后裔从内阁首辅到东林党魁，三百妻妾诞下千名子孙，却在党争与列强入侵中分崩离析。