商周交替，通天教主于东海归墟推演天机，揭露无量仙翁借封神榜吞噬信仰的阴谋。申公豹携 "裂空爪" 揭开阐教以 "天命论" 掩盖血统压迫的真相：哪吒灵珠实为截教秘宝 "混沌灵核"，龙族敖丙一族遭天庭陷害几近灭族。多宝道人祭出《归墟录》，预示混沌灭世珠需万仙魂魄为祭的残酷代价。
截教联合海底妖族突袭西岐道观，申公豹救出被操控的亡父，哪吒混天绫觉醒护主，敖丙召唤玄螭摧毁信仰支柱。三教大战爆发：首阳山九曲黄河阵困哪吒前世，定海珠现申父冤魂；金鳌岛土行孙反戈，九幽血海吞噬金仙；汜水关魔家四将法宝合星宿，杨戬窥破封神榜因果。
终极对决中，通天教主劈开封神榜，揭露元始天尊窃取信仰。诛仙剑阵化四大凶门，申公豹引爆混沌珠，湮灭前见弟弟幻影。哪吒以灵核重铸宝莲，致截教万仙魂锁归墟。新序初立，哪吒敖丙共御玄螭，申小豹魂魄溢出暗藏新阴谋。