一万年以后，人类逐渐走向统一，核污染却日益严重，人类建立起了蓝星联邦政府和超级人工智能辅助的治理体系。
核泄漏导致人类和动物大量变异，变异人类的精神力异常，其中的佼佼者发现了间层空间的存在，间层中存在大量修炼功法和资源，神石和黑石矿脉也逐渐被人类发现，同时部分变异动植物进入到间层空间，神石和黑石被变异兽吸收，生殖隔离彻底被打破，各种凶猛变异兽不断涌现。
人类的生存环境日益严峻，科学家研究变异兽的细胞及其核心，结合对间层古文明的研究发明了神甲和神器，用以对抗变异兽。
间层中神明遗迹被人类发现，原来人类产生于第一纪元是神明创造的附属，专为神明活动服务，神明灭亡于第四纪元神陨之战，随后人类在第五纪元统治蓝星。
神石能量温和、光明，给人带来幸福和力量，然而黑石却被誉为人类走向灭亡的催化剂。
唐雨，一名优秀的大学生，灵魂感知异于常人，专攻古代博物学，
天才却遭人嫉妒，被人陷害卷入到了一场关于黑石的阴谋之中...