小艺的意识数据在系统深处以每天5%的速度消散，两周后将彻底消失。
苏晚潜入系统先后找到三块小艺的意识碎片，同时，苏晚在夹层中发现了惊人的秘密——Echo公司早期顾问James Holliday并未被清除，而是被Michael Zhou囚禁于此，其意识中存储着Janitor的原始代码，是Michael Zhou为自己留下的"备份"。
苏晚团队救出James Holliday的意识，但发现他已没有肉体。他们通过Echo前CEO格雷的帮助，找到一台废弃的仿生机器人"忒修斯"，让James Holliday获得新的"身体"。James作为关键证人，向联邦检察官Daniel Chen提供证词，揭露Michael Zhou篡改系统、囚禁意识、加速清除用户的罪行。
与此同时，Yuki在整理Echo早期档案时发现更骇人的秘密：创始人格雷和沃森曾发起"意识仿制与人格投射实验"，后被董事会叫停，但Michael Zhou秘密继续，将17名真人志愿者的意识覆盖替换为系统NPC角色。小艺的朋友梵高原名林深，奥克兰艺术学院23岁学生，正是受害者之一，其原始意识恢复率仅63%，"情感锚点"丢失。
苏晚和陆沉找到林深的外婆沈慧，一位73岁的老人。沈慧得知外孙"还活着"，毅然决定进入系统唤醒他。沈慧用银叶草、全家福和童年记忆，一点一点重建林深断裂的情感纽带。小艺也进入系统，帮助沈慧理解林深这四年的生活。最终，林深在外婆和小艺的呼唤中找回了自己。
Michael Zhou被判二十年监禁。林深选择留在系统中继续画画，但说服小艺最终放弃永久入住，"真实的生活是无法替代的"。小艺与苏棠一起回归现实。James Holliday以机器人之身"复活"，与顾磊一起回老家见父亲。苏晚和陆沉继续经营"沉晚数据恢复"仓库，在奥克兰的海湾大桥灯光下，迎接新的生活。
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