第二次忍界大战已过去近十年，五大国实力也都恢复过来，较之前又有很大的提升。各大忍国与国境附近的小国与忍者村战争冲突不断，为了各自利益，开始压制、拉拢、渗透周边小国，并与其它大忍村对大陆核心领土及资源展开了争夺，彼此之间产生激烈的火拼。
彼此之间剧烈的军事冲突，让各村的武斗派占据主导权。各项禁术、尾兽兵器、忍具等科研项目都得到了巨大的经费投入。各村的野心也随着一项项技术的开发而蠢蠢欲动。
46年底，砂隐村三代目风影离奇失踪，整个村子陷入混乱状态。出于对三代目风影强大实力的信心和顾及，四代风影之位一直悬而未决，全村出现了群龙无首的状态。支持者们倾尽全力在忍界四处搜寻，牵连着忍界随之震动；反对者们则私下积蓄着力量，待时而动。中立派则持观望态度，静待事态的发展。一时之间全村人心浮动，局面波澜诡谲，力量的过于分散让整个村子的防御部队人手严重不足。同时三代风影失踪的情报也被其余四个忍村探知。
情报传回云忍村，主战派振奋不已，出兵的呼声越来越高。三代雷影组织召开了上忍会议，制定了对砂隐村发动奇袭的计划。计划将由三代雷影和二尾由木人两位影级高手带队，突入砂隐村。首要作战目标抢夺一尾守鹤；次要目标掠夺砂隐村战略资源，增强自身战争潜力；三是搅乱砂忍村现有势力格局，让他们首尾难顾，陷入内乱，给木叶制造一个不安定的后方。
同时让三代雷影之子艾和八尾人柱力奇拉比率兵在汤、音、泷三国一线布防，等待预定的奇袭时间，然后单方面对木叶和岩隐村宣战，将各方力量吸引过去，保障奇袭计划的顺利进行。如果计划顺利实施，云隐村将拥有第三个人柱力，等到将一尾完全掌控后，三个完全被掌握的尾兽在手，届时借此威压忍界，进军火之国，占据大陆核心领土，取代木叶现在的地位。
云忍的异动引起了周边邻国的不安，兵力也随之频频调动。
岩隐村随之而动，出兵泷、草两国，戒备着木叶和云忍，然后开始组织人员修筑着防御工事，借助土遁忍术，开始大范围的改变着土之国境内和边境线的地形。然后陈兵泷、音忍村沿线，与木叶、云忍对峙，做出伺机入侵两国境内的态势。
雾忍村也随之对木叶宣战，兵出涡之国旧址和汤之国边境，对木叶呈进逼态势。多年的修整，让雾忍村实力大涨。在此期间，聚拢了忍界众多的血继家族，主要有鬼灯一族、干柿一族、枸橘一族、水无月（雪）一族、竹取（辉夜）一族等，并且此时村中忍刀七人众在忍界中也是声名远扬。孤悬海外这一独特的地理位置避免了日常与其它忍村的对峙消耗。实力的急剧膨胀激发了他们对大陆核心领地的野望。
木叶同时三面受敌的消息传回来，村中一片哗然，恐慌的情绪在群众中蔓延开来。火影智囊团根据情报迅速制订了作战计划，火影办公室下发了战争集结命令。三忍也被火速召回，率军出发。
自来也统领土之国防线，陈兵泷、音、草三国一线，主要迎战土之国，兼顾雷之国方面；大蛇丸统领对水之国作战任务，陈兵原涡之国旧址，与汤之国边境，提防雾隐村海上来袭；纲手坐镇雨、川两国战线，提防风之国异动。因纲手深受”恐血症“的困扰，战力大损。木业特意安排了猪鹿蝶随军辅佐。而且主要发挥她领军才能和克制砂忍剧毒的医疗能力，沙忍村风影处于失踪状态，高手对拼的机会相对较少。火影猿飞日斩坐镇木叶村，一边安抚着村内民众，一边主持着兵力、粮草的调配。巨大的压力压在他的身上，让他的身躯愈加的佝偻。曾经威震忍界的“忍雄“正在逐渐老去。
五大忍村的连番动作，各小国与忍村也随之不安躁动起来，整个忍界乱成 一锅粥。经历最初的紧张布防后，各方势力处于微妙的平衡，进入了对峙期。五大忍村开始心照不宣的清理着自身势力范围内的小国和小忍村的势力，肆意瓜分着既得利益。这也导致了忍界中叛忍、流浪武士、赏金猎人、山匪数量的剧增，普通人的生活受到了巨大的影响。另一边各自加急修建着边境的防御工事、陷阱的布置和粮草的储备。
战争的阴云在忍界上空笼罩，压在所有人的心头。国与国、人与人，无数人的命运纠缠在一起。欲望、杀戮、贪婪、麻木、怨恨、友情、梦想、信念，无数种情感，或美好，或污浊，混杂在一起，最后终浇灌出名叫战乱的血色之花，在忍界的每一寸土地上绽放，所有人都在主动亦或被动的去品尝。
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