香港警署由两名警务处副处长协助一名警务处处长管理。警队被分为5个部门：
行动处，刑事及保安处，人事及训练处，监管处，财务、政务及策划处。
每个处设立一位分处长（最后一个部门的处长由级别与高级助理处长相等的文员担任）。
因为前两个部门主要与行动、调查等相关，出警很日常，而后三个部门主要是一些协助的事务，所以前两个部门归一名警务处副处长管理，后三个部门归另一名副处长管理。
每个处下面又设立了许多分机构，比如警校（Police Training School，简称PTS）就在人事及训练处。
本文主要涉及的机构是重案组（RCU）、鉴证科（IB）和毒品调查科（NB），前者是甲部门（行动处）下属的陆上总区中的一个团队；后者属于乙部门（刑事及保安处）。其他文中偶尔提到的部门也在前这个处之中，故而在此重点介绍一下前这个处的分机构。
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甲部门：行动处，包括刑事侦缉部、行动部、行政部、支援部、交通部等。
在甲部门（行动处），为了执行日常的警务工作，将HK警队分为6个总区：香港岛总区，西九龙总区，东九龙总区，新界北总区，新界南总区，水警总区，每个总区下又设区和分区，一般来说，是以警区警署为单位，一共有23个警区。
西九龙总区警署管辖油尖旺区，是刑事案件多发的一个总区。所以，一般提到西九龙，就会知道是警队的区划，而不是单纯的地域区划。
刑事侦缉部：负责调查严重罪案和跨区罪行；亦负责搜集、整理和评估总区内罪犯和犯罪活动的情报；分为：
重案组：（Regional Crime Unit，RCU），一般设在总区，一些区也有设，本文主要涉及的部门；
刑事侦缉队（District Crime Squad，DCS）：与重案组类似，设置在分区；
总区情报组（Regional Intelligence Unit，RIU)，设在每个总区；
分区情报队（District Crime Squad，DIS），设在分区。
行动部，含三个组别：
行动科，下有行动组（冲锋队Emergency Unit，EU）、反恐怖活动及内部保安组（反恐特勤队Counter Terrori** Response Unit，CTRU)、重点及搜查组(包括警犬队)和警察公众联络组；
警察机动部队（Police Tactical Unit，PTU），在PTU待过的警员有可能会成为冲锋队（EU）一员；
爆炸品处理科（Explosive Ordanance Disposal，EOD）。
行政部：处理警民关系等问题。
交通部：执行及管制组（E&C），交通意外调查组（AI）等。
支援部：有支援科、辅警支援科、公共关系科（PPRB）等。
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乙部门：刑事及保安处：
鉴证科（Identification Bureau，IB），从罪案现场寻找证据进行鉴证及向法庭就鉴定身份事宜提供专家证据，分法医和法证两个部分；
毒品调查科（Narcotics Bureau，NB）；
刑事情报科（Criminal Intelligence Bureau，CIB)；
刑事纪录科（Criminal Record Bureau，CRB）；
商业罪案调查科（Commercial Crime Bureau，CCB）；
有组织罪案及三合会调查科（Organised Crime and Triad Bureau，OCTB，俗称O记）；
军械法证科；
网络安全及科技罪案调查科。
所有与刑事案件相关的部分都是由老的刑事侦缉处（Criminal Investigations Department，CID）演变而来的，所以刑事探员也会统称为CID。
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